制药废水经过高效的厌氧处理（如UASB或IC反应器）后，大部分难降解的大分子有机物已被转化为小分子，COD去除率可达80%以上。然而，厌氧出水中的COD浓度往往仍无法满足排放标准，且氨氮浓度可能不降反升（由于有机氮的氨化作用）。因此，必须串联好氧处理工艺进行深度净化。

  常用的好氧工艺包括活性污泥法、生物接触氧化法和序批式活性污泥法。对于制药废水，生物接触氧化法因其耐冲击负荷强、无污泥膨胀问题而被广泛采用。在好氧池中，好氧微生物利用水中溶解氧，将残留的有机物彻底氧化分解为二氧化碳和水，并通过硝化作用将氨氮转化为硝酸盐。

  由于厌氧出水可能仍含有少量抑制性物质，好氧段的启动需进行菌种驯化。同时，需控制好氧池的溶解氧在2-4mg/L，维持适宜的pH值和营养比例。好氧处理后的混合液进入二沉池进行泥水分离，上清液达标排放或进入深度处理单元。厌氧与好氧的有机结合，构成了制药废水处理的完整链条。

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